禁忌症是指个体在某种状态下接种疫苗后会极大地增加发生严重副反应的机会。它是以个体的状态决定的，而不是疫苗本身，如果在有禁忌症的情况下接种，产生的副反应将严重伤害被接种者。目前，除接种狂犬疫苗外，接种其它任何疫苗都有禁忌症。

通常的禁忌症有正在患有严重器官疾病，尤其是处于活动期的疾病;急性感染性疾病正在发热;对疫苗成分过敏等。在有明确禁忌症的时候，应待患儿病好后再接种。怀孕和免疫抑制反应这两种情况为接种活疫苗的暂时禁忌症。有免疫缺陷儿童不能接种活疫苗。